Hai 3 departamentos que dependen do director. Son:
- Produtos Agrarios
- Medios da Produción
- Fitopatoloxía
Depende tamén do director:
- o responsábel de calidade e seguridade
- tres administrativas, dúas mozas de laboratorio e o encargado de mantemento
O departamento de Produtos Agrarios organízase en tres seccións:
- Alimentos: leite e produtos lácteos, embutidos e cárnicos, mel, produtos do mar, produtos vexetais, aceites, castañas, etc.
- Bebidas: viño, augardentes, licores, cervexa, auga, vinagre, etc.
- Alimentación Animal: forraxes, cereais e pensos.
O departamento de Medios da Produción ten dúas seccións:
- Solos e análises foliares
- Fertilizantes: inorgánicos, orgánicos, análises de augas para rega, lodos de uso agrario e substratos.
O departamento de Fitopatoloxía está dividido en dúas seccións:
- Diagnósticos fitopatolóxicos: enfermidades e pragas dos cultivos
- Residuos de pesticidas en bebidas, froitas, hortalizas, legumes, forraxes, solos, etc.
En cada sección hai un respondable técnico, analistas e auxiliares de laboratorio cualificadas. O cadro de persoal está constituído por 38 postos de traballo, 15 de funcionario e 23 de persoal laboral.
O Laboratorio Agrario participa na formación de alumnos universitarios e de alumnos dos ciclos superiores mediante as prácticas de empresa. No período 2013-2017 houbo, de media, 17 alumnos en formación por ano.